Ya lo he logrado, la respuesta estaba en el foro.
Os dejo un ejemplo de como hacerlo
//---------------------------subir.htm----------------------
<form name="form" action="subir.php" method="POST" enctype="multipart/form-data">
<b>Fichero 1:</b><input name="userfile[]" type="file" size="20"><br><br>
<b>Fichero 2:</b><input name="userfile[]" type="file" size="20"><br><br>
<b>Fichero 3:</b><input name="userfile[]" type="file" size="20"><br><br>
<b>Fichero 4:</b><input name="userfile[]" type="file" size="20"><br><br>
<b>Fichero 5:</b><input name="userfile[]" type="file" size="20"><br><br>
<input type="submit" value="Enviar" class="formulario">
</form>
//-----------------------subir.php------------------------
<?
//NOMBRE: nombre de tu web (NOMBRE.webcindario.com)
//SUBIR: carpeta donde se subiran los archivos (con permisos 777)
$absolute_path ="/home/webcindario/NOMBRE/SUBIR";
for($i=0;$i<sizeof($userfile);$i++)
{
if(!$userfile_size[$i])
continue;
@move_uploaded_file($userfile[$i], "$absolute_path/$userfile_name[$i]"

;
}
?>
<b>¡Los archivos se han enviado con éxito!</b>