El contador de visitas almacena las visitas de un sitio aún si no entran por la pàgina principal... por ejemplo si entran desde un buscador a una pagina de mi sitio que no es el index... el contador puede captar esa visita?

Las visitas se cuentan si la página tiene el contador... si el contador esta solo en una página no podra contar las vistas a otras.

Esto es para contadores, no para las estadísticas de los espacios webs.