Según pone en las características del espacio web de Mi@:

¡La menor publicidad posible!,
solo se muestra un pequeño logo de miarroba.com en la parte inferior de las páginas y un popup cada 24 horas usando el nuevo sistema unificado de Popups.

Debería aparecer un popup una vez cada 24 horas, pero desde hace mucho tiempo, aparece dicho popup de 2 a tres veces diarias (que yo haya contabilizado). Se supone que me debería salir sólo una al día, y me sale una por la mañana, una al mediodia, y otra de noche... (Mi IP no cambia, asi que no puede deberse a eso el problema).

A ver si alguien me puede decir si eso es fallo del sistema de Mi@, y si lo pueden solucionar...

Pues debe ser un fallo de mi@ pues yo uso el mini banner y es mejor que lo de los popups ... te recomiendo que uses el minibanner