Hola! tengo un subdominio .ya.st con un contador en la página principal. Como es lógico, los referidos (las páginas desde donde acceden a mi web) del contador son casi todos a nombre del subdominio, ya que éste les redirecciona a la página principal.
Habría alguna manera de saber los referidos del subdominio? No se si me he explicado xD

No creo que haya alguna manera... pero eso mas bien depende de la forma en que está programado el contador por parte del proveedor de servicio.
De momento no le veo una solución concreta a lo que planteas.
saludos.-