Si la visitas (por ejemplo) tres veces en el mismo día, sólo te contará una, ya que las visitas se contabilizan por IP y día.

Y si ya te cuenta 2 visitas, eso quiere decir que no importa en qué subcarpeta esté alojado al archivo index.php, ya que contar, sí que cuenta (otra cosa es que cuente bien). De todas maneras, te recomiendo que pongas el index en el directorio raíz, para que la url sea mucho más corta.

Si no, redirecciona el index de el home al index de la carpeta.