simbolo de sistema y entras a la unidad (EJ: "d:"), luego "dir" para ver lo que tienes en el pendrive, luego "attrib -s -h -r -a" para quitar los atributos de los archivos (ocultos y no ocultos) y luego "dir" y buscas algun archivo extraño, por lo general debe haber un "autorun.inf" eliminando este archivo el virus no se ejecuta al abrir el pendrive pero debes borrar el virus de todas formas"

http://support.microsoft.com/kb/967715/es

Cómo deshabilitar o habilitar todas las características de ejecución automática en Windows 7 y otros sistemas operativos

Windows 7, Windows Server 2008, Windows Vista, Windows Server 2003 o Windows XP

Solucionarlo por mí mismo

Importante: esta sección, método o tarea contiene pasos que le indican cómo modificar el Registro. Sin embargo, se pueden producir graves problemas si modifica el Registro incorrectamente. Por tanto, asegúrese de que sigue estos pasos cuidadosamente. Para obtener más protección, haga una copia de seguridad del Registro antes de modificarlo. A continuación, puede restaurar el Registro si se produce algún problema. Para obtener más información acerca de cómo realizar una copia de seguridad y restaurar el Registro, haga clic en el número de artículo siguiente para verlo en Microsoft Knowledge Base:

Para deshabilitar la ejecución automática manualmente en sistemas operativos que no incluyen Gpedit.msc, siga estos pasos:

1. Haga clic en Inicio y en Ejecutar, escriba regedit en el cuadro Abrir y haga clic en Aceptar.
2. Busque la siguiente entrada en el Registro y, después, haga clic en ella:
   HKEY_CURRENT_USER\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\policies\Explor er\NoDriveTypeAutorun
3. Haga clic con el botón secundario en NoDriveTypeAutoRun y, a continuación, haga clic en Modificar.
4. En el cuadro Información del valor, escriba 0xFF para deshabilitar todos los tipos de unidades. También puede seleccionar las unidades específicas que desea deshabilitar mediante la utilización de un valor diferente, según se describe en la sección "Cómo deshablitar funciones específicas de la ejecución automática de forma selectiva".
5. Haga clic en Aceptar y, a continuación, cierre el Editor del Registro.
6. Reinicie el equipo.

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Cómo deshablitar funciones específicas de la ejecución automática de forma selectiva

Para deshabilitar las funciones de la ejecución automática de forma selectiva, debe cambiar la entrada NoDriveTypeAutoRun en una de las siguientes subclaves de la clave del Registro:

En la siguiente tabla, se muestra la configuración de la entrada del Registro NoDriveTypeAutoRun.

El valor de la entrada del Registro NoDriveTypeAutoRun determina para qué unidad o unidades se deshabilitará la funcionalidad de la ejecución automática. Por ejemplo, si desea deshabilitar la ejecución automática sólo para las unidades de red, debe establecer el valor de la entrada del Registro NoDriveTypeAutoRun en 0x10. 

Si, por el contrario, desea deshabilitar la ejecución automática para varias unidades, debe agregar los valores hexadecimales correspondientes al valor 0x10. Por ejemplo, si desea deshabilitar la ejecución automática para las unidades extraíbles y de red, debe agregar 0x4 y 0x10, que es la adición matemática de 2 valores hexadecimales, para determinar el valor que se va a utilizar. 0x4 + 0x10 = 0x14. Por tanto, en este ejemplo, establecería el valor de la entrada NoDriveTypeAutoRun en 0x14. 

El valor predeterminado de la entrada del Registro NoDriveTypeAutoRun varía en función del sistema operativo basado en Windows del que se disponga. En la tabla siguiente, se enumeran estos valores predeterminados:

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Aunque supongo habrás buscado información, pero de no ser así pongo 3 links sobre el Avira y el autorun.inf