yo uso mucho el Mozilla Suite y el FireFox y cuando me bajo unos plugins o themes me aparecen en .JAR que es un archivo comprimido porque se abre con WinRAR y me gustaria saber como se instalan eso plugins y themes...

debes ir a esta direccion https://addons.mozilla.org/themes/showlist.php?application=firefox&category=All luego dale clic al nombre del tema q quieres bajarte y luego presiona en Install Now esto instalara inmediatamente el tema en tu Firefox, pero debes tener en cuenta q la opcion Permitir a los sitios web instalar programas este activada, verificalo en Herramientas-->Preferencias-->Carasteristicas web.
Una vez instalados los temas vas a Herramientas-->Temas y elige el tema q bajaste, reinicia tu firefox y listo.
saludos

Los .jar son propios de Java y son los "ejecutables". Las extensiones en Firefox suelen ser .xpi