Puedes pegarlos donde tú quieras, es tu plantilla Si quieres añadirlos a continuación mejor pon entre cada código un <br> para que los ponga uno debajo de otro. No debería ser necesario pero no sobra...
Quizá te vendría bien leer un poco sobre HTML para entender un poco sobre la estructura de la página. Así sabrías dónde puedes poner los códigos y donde no. Si vas a modificar la plantilla, no deberías hacerlo a ciegas... De todas formas, mi recomendación, abre un blog para pruebas, descarga la plantilla (si recuerdas, hablamos de cómo hacerlo en el otro hilo que abriste) y súbela en el nuevo blog (el icono está junto al de descargar). Así tendrás dos blogs con el mismo aspecto. Y de ese modo puedes usar el de pruebas para probar a mover tus minibanners y cualquier otra cosa que necesites, sin que lo vean tus lectores