Creo que sería conveniente poder crear tus propios bloques para poner tus afiliados (el sistema de enlaces no puedes poner imágenes), imágenes, publicidad, avisos... y poder personalizar mejor los blogs. El sistema de bloques sería similar al PHP-Nuke.
Ahora la segunda, HTML: poder incluir códigos html sin implantarlos en la plantilla (porque al ser así no puedes editar la plantilla con el generador). Por ejemplo, incluir un código con el que no te permiten seleccionar el texto, o incluir una radio mp3 (esto necesitaría el sistema de bloques)...

Hombre... todo lo que dices se puede hacer con html y modificando la plantilla....

Si tienes problemas con el generador y tal... puedes tener dos plantillas, con y sin bloques, de tal forma que cuando modifiques con el generador la que no tienen bloques, después a mano implementes eso cambios.