cuando me bajo php-nuke 6.5 se supone que tendrian que venir carpetas?.... pero a mi me salen una gran lista de archivos pero ninguna carpeta

Php-Nuke normalmente te lo bajas en un .zip o en .tar.gz..
Si lo descomprimes respetando las rutas que ya vienen definidas no tienes ke tener ningun problema.

Viene en un carpeta ke se llama html y dentro de dicha carpeta hay varias mas.. modules, language, admin, images, blocks etc..

Asegurate ke te has descargado un Nuke en buen estado.. puedes bajartelo de http://www.phpnuke-hispano.com

Saludos