Cuando descomprimes el php-nuke (6.X, da igual si 5 u 8 ) se te crean varias carpetas. Una de ellas se llama "upgrades". Copia los files que llevan el nombre desde tu version hasta la version que quieres en la ruta donde tienes tu pagina.
Por ejemplo, si vas a pasar de la 5.6 a la 6.8 tienes que copiar los siguientes ficheros:
Código:
upgrades56-60.php
upgrades60-65.php
upgrades65-66.php
upgrades66-67.php
upgrades67-68.php


Hecha esta copia, en la ruta debes poner: http://www.tudominio.loquesea/upgrades56-60.php
y así hasta el ultimo pero siguiendo el orden (upgrades67-68.php)

Una vez terminado esto, copia los ficheros de la carpeta html de la version final hasta donde tienes tus ficheros.

Recuerda que las modificaciones hechas en el código, los bloques y los modulos modificados pueden verse afectados por la actualización.