Al poner un fondo sólo en la principal sin seleccionar para todos.. ahora me salen en todos los subforos.

Si el cambio lo haces en la principal, estos se efectuan en todos los subforos por defecto (como te indica un mensaje en el panel de control).
Para efectuar cambios, debes ADMINISTRAR cada subforo individualmente. (esto es lo que creo, también ando con cambios y he tenido "problemillas" parecidos)

Si no lo han cambiado si se pude, tan sólo quitas la marca de "Aplicar esta combinación de fondos y tapices en todos los subforos de la comunidad".

Antes lo hacía asi y sin problemas pero ahora no.

voy a mirarlo pack

acabo de hacer una prueba en un foro y el fondo se ha cambiado solo en el foro principal sin afectar al resto de subforos, no serán que dejaste marcada la opción aplicar sin querer ?

Pues si, pero como me pasó 3 veces pensaba que era un bugs, lo siento..... Cuand leas este mensaje borralo todo.

*Pero aprovecho a poner un bug que lleva tiempo, que es cuando le doy a modificar color en algun subforo al aceptar sale la típica página en blanco..

http://miarroba.com/foros/admin/colores.php

esa opción a mi también me funciona correctamente.

La de los colores a mi no seguro. No dentro del panel de administración que va perfecto, sino dentro del mismo foro al darle a colores en un subforo. Por ejemplo en esta sección de reporte de bugs dale a colores y luego a aceptar, tiene que fallar seguro al menos en el mio.