Estamos hablando de la pagina principal de tu sitio. Si la tienes es la que usas para "abrir" tu web... por lo tanto tambien se supone que la confeccionaste tu mismo en tu ordenador y luego la "subiste" al servidor via FTP... entonces lo mas facil seria que en tu ordenador le cambiaras el nombre como haces con cualquier otro archivo de windows y luego de eso, la subes tal como lo hiciste con las demas paginas.
Luego ya con el cliente de FTP cargado, una vez que hayas subido index.html (el archivo renombrado), procede a borrar del servidor el archivo original.
Esos serian los pasos lógicos e indicados para solucionar lo que planteas.
Suerte!
Saludos.-

Los sitios nuevos deben esperar alrededor de 48hs. para que sean accesibles mediante navegador web.