hola

una duda, se pueden hacer temas en los cuales el link de las descargas, solo sean visibles para los usuarios registrados?

no.

Pero puedes subir los niveles de un subforo, de manera que solo los usuarios registrados puedan ingresar y leer (allí pones los enlaces)

En otro subforo (donde los usuarios invitados sí puedan leer), haces el anuncio y publicas el enlace al "otro tema", donde tienes el enlace que quieres proteger.