hola, he estado mirando aber si encontraba alguna manera de codificar la url pero lo unico que he encontrado es base64 y urlencode y probe con las 2, y efectivamente se codifica pero no me deja entrar me dice permiso denegado... como podria solucionar esto, de todas formas os dejo como lo hice aber si tengo algun error:

$url = "siguiente.php?id=$id";
$encode = base64_encode($url);
echo "<td><a href='$encode'>$num_enlace</a></td>";

Con una url como "$url = "siguiente.php?id=$id" sólo es posible conocer el path del script.

Puedes ocultar carpetas (y hasta scripts) si programas la página utilizando un modelo vista-controlador. Busca información sobre este modelo en google.