Miren, yo tengo una duda como puedo hacer por ejemplo http://miweb.com/index.php?id=1.php, donde 1.php es una categoria de mi web.

Relamente es http://miweb.com/index.php?id=1

Y sería tan simple como:

<?php
...
if($_GET['id']=="1")
{
.....       
}
els if($_GET['id']=="2")
{
.....
}
....  
 ?>

Como podría agregar las categorías a mi base de datos???

PD: donde has puesto els va else, supongo que se te habrá pasado escribiendo deprisa