Directamente al espacio web, sin mediar carpeta alguna, tal cual.
El directorio raiz es el inicial, el original, primero del árbol de directorios, raíz como su nombre indica.
O sea lo que tienes en la carpeta index metelo todo en el espacio web directamente: sin carpeta.
(Y repasa los linkeos luego con otras páginas, no se te hayan roto o cambiado tras este movimiento)