hola..

He subido la pagina error_404.php y he configurado en el panel de control dicha pagina y aparece claramente que tengo configurada esa pagina, al darle al enlace abre sin problemas la pagina. Pero si en el sitio web le doy a un enlace inexistente me abre la pagina de error 404 por defecto de miarroba.

alguna ayuda?

El servidor Apache debe actualizar esa configuración (404 personalizado), y debemos esperar a que esto ocurra.