Un amigo me sugirió hacer un botón para hacer afiliaciones de mi web con otras webs.

Me dijo que el tamaño de mi botón fuese 88x31. ¿Para los botones de aliados se usa siempre este tamaño?

depende. Al igual que el tamaño de banners, hay varios.El que tú mencionas es uno de los standard, por asi decirlo, junto al de 100x35. Yo por ejemplo en mi web uso 100x35, pero eso ya depende del gusto de cada uno