La cosa es que cuando meto descargas es mi web al cabo de los dias desaparecen los archivos del servidor ??¡¿¿?? y realmente no comprendo ¿donde estan los archivos (comprimidos en rar) ? si yo los deje en el servidor por que ahora no estan?

No se pierden, en realidad son borrados ya que seguramente superan el limite permitido por mi@.
Cualquier archivo de mas de 1MB sera borrado por el robot.
Lee esto:
http://miarroba.com/foros/ver.php?foroid=7&temaid=1971693