Quiero instalar Icy Phoenix, pero me da errores ya que el FTP no me acepta los archivos ".htaccess" y tampoco puedo dar los permisos CHMOD necesarios a ciertos archivos. Pero creo que hay gente que si ha instlado Phoenix aquí. A ver si alguien me puede ayudar.

Por lo de los .htaccess, no pasa nada que no se suban. Por otra parte, los permisos los  tienes que dar desde  tu ordenador con un cliente FTP.
Recomiendo Filezilla.

He subido los archivos con FilleZilla y les he aplicado los permisos, y precisamente al instalar el Icy Phoenix, me dice que no están los permisos...

¿Has verificado que esten bien puestos?